2009年，为了适应新形势，民盟厦门市委对课题运作机制作了较大调整，主要措施包括：向各基层下发征集课题的通知、由专家对选题进行论证、所有课题面向基层进行招标、与课题组签订课题调研协议书、制定课题经费使用管理规定、举办调研骨干培训班、建立课题调研进度的跟踪机制、制定标准对课题进行验收评审等。
　　通过机制创新，盟市委基层参政议政的热情和能力充分显现，仅2009年的课题调研活动就超过50场次，极大地锻炼了队伍，发现了人才，也和政府部门增进了共识，沟通了感情，扩大了民盟的社会影响。民盟的调研工作受到上级主管部门和兄弟党派、兄弟盟组织的高度肯定和一致好评。
　　实行新的调研机制后，盟市委的工作重心相应转向课题的服务、管理，以及提高课题质量和推动课题成果转化上，同时盟市委参政议政部门可以有时间重点围绕厦门市中心工作，围绕中共市委、市政协的重点协商议题开展专题调研，取得了良好的成效，今年30个签约课题全部完成，课题完成质量较高。2009年，民盟市委有11篇课题被收入市政协大会发言汇编，课题转化而成的《厦门“金包银”发展模式存在的若干问题及对策建议》、《完善我市社区医疗服务运行模式的几点建议》、《以“七个一”模式强化平安校园工作》等三篇提案被评选为市政协重点提案，其中《完善我市社区医疗服务运行模式的几点建议》提案获市政协优秀提案，《关于厦门地区的高校更好地为厦门经济发展服务的对策建议》政协大会发言受到刘赐贵市长的批示，《关于建立声环境在线监测系统的调研报告》、《厦门新镌石刻存在问题调研》、《厦门城市水环境承载力评价与可持续发展对策》、《中小学教育资源向社区开放》《厦门市污水处理厂污泥处置现状与资源化利用的调研》、《做大做强厦门电子数码街 塑造独特的现代文化旅游商贸圈》等六个课题被厦门电视台拍摄成“政协视点”专题节目。此外，还有一大批课题受到媒体的深度采访报道。